Llamado también molino de San Julián, el molino de Martos está situado en el Río Guadalquivir, conocidos entre los siglos XIII y XVIII como aceñas, o noria de tiro. El Molino de Martos se encuentra en lo que se conoció como la Parada de San Julián, que tomaba su nombre de la Presa de San Julián, y frente por frente de la Puerta de Martos
Entre el año 1237 y el 1550, el molino fue una típica aceña medieval formada por dos casas diferentes. Sin embargo, entre los años 1550 y 1555, las aceñas fueron convertidas en un nuevo edificio que es el que se puede admirar actualmente, cambiando el sistema hidraúlico que mantenía, por el conocido como sistema de regolfo (sistema de aprovechamiento hidraúlico, donde los canales para el paso de agua no se sitúan al costado del Molino, sino bajo su suelo). De esta manera se implantaron ocho piedras destinadas a producir una acción mecánica, ampliándose posteriormente a diez. En 1559 el molino se convirtió en batán (máquinas de madera movidas por energía hidraúlica y que situadas en las orillas del río siendo su misión, producir golpeteo de telas por medio de unos mazos o porros)
Remodelación
En el año 2003, comienzan las obras de rehabilitación del Molino de Martos, según proyecto del arquitecto Juan Navarro Baldeweg realizadas por parte de las empresas Necso Entrecanales Cubiertas y con un importe de 1,3 millones de euros.
Prácticamente finalizada desde el año 2004, no será hasta el 30 de julio de 2006 cuando se inaugure el Museo del Agua, la exposición permanente que alberga en su interior.