Pequeña mezquita dentro del recinto de los Jardines de Colón. Fue edificada durante la Guerra Civil, como regalo a las tropas moras del bando nacional, para que pudieran realizar los rezos relativos a su culto.
Se inaugura el Morabito el día 29 de julio se 1938.
En octubre de 1950 el edificio se destinó a biblioteca. Además del fondo general, estaba especializada en temática islámica, constituida en parte con las donaciones que realizara la Delegación de cultura de la Alta Comisaría de España en Marruecos.
En la década de los 80, la Asociación de Musulmanes en Córdoba solicitó al gobierno municipal de Julio Anguita la cesión del edificio. Les fue concedida y en 1992 abrió sus puertas al culto.